多数肾盂肾炎的病人都会出现有腰痛的症状，因此在诊断上很容易与尿路感染，前列腺炎，膀胱炎，尿道综合征等等的即便出现混淆，从而影响到治疗，因此，在治疗之前，最好是能够进行比较专业的检查，然后再合理的用药。
要使进行性肾损害和功能损失降低到最低限度，则需严密随诊病人，严格控制尿路感染，及时发现和处理并发症，单侧萎缩性肾盂肾炎引起的高血压可能受肾素调节，此类病人经仔细评估后，如有适应症则可作患肾切除术。
特殊治疗：①药物治疗：有慢性肾盂肾炎证据的各年龄组患者，需及时诊断仔细治疗，并预防感染再发生。为根治尿路感染，需作药敏试验，选择适当的抗生素。如果为重新感染（特别是婴幼儿），则需长期、连续使用抗生素治疗。②手术治疗：通过外科手术矫正患者解剖上的缺陷（尤其是尿路梗阻）和去除结石，影响药物疗效不同程度的膀胱输尿管返流也需手术治疗。
具体选择何种方法对先天性肾炎进行治疗，关键还是要取决于病人自身的疾病程度以及身体的具体状况，并且在治疗的同时还应该要做好护理工作，合理控制好病人的饮食，保证规律的作息对于疾病的治疗也会有一定的帮助。
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