由淋球菌引起的附睾炎不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔的缩小或堵塞，导致近附睾端不完全性或完全性输精管梗阻。这是一种难以逆转的附睾炎后遗症，精子被堵截在附睾管内出不去，只能慢慢困死或任由宰杀，从而造成梗阻性少精子症或无精子症。
有的病原体(如大肠杆菌)可直接对附睾管中的精子造成损害，抑制精子的活动度或使精子发生凝集，以降低其活动能力;有的病原体(如支原体、衣原体)则吸附于精子表面，使其活动力降低甚至丧失。病原体产生的毒素也会毒杀生性脆弱的精子，使其死亡率大大增加。同时，白细胞、巨噬细胞等机体卫士在消灭病原体时，也可能不分好歹，误伤或误杀精子。炎症反应产生的大量代谢产物，也会毒害精子，或改变精子的生存环境，使精子活动力下降、死精子增多，造成畸形精子率上升、精子数量减少等。
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