凡是手术，都会存在一定的风险。垂体瘤手术也不例外，手术主要风险之一是垂体功能损伤。
损伤在所难免，激素可以替代
类比于美国反恐战争中“外科手术”式的精确打击，即便军事实力强劲，仍不可避免会有士兵伤亡。同理，医生在做垂体瘤手术时都会尽力做到“完美”，但有些情况是很难完全避免损失一些正常的垂体组织，尤其是手术难度大、切除包绕海绵窦和主要血管的肿瘤。即便是经验丰富的垂体瘤手术专家，在切除垂体巨大腺瘤后，仍有约5-10%的患者出现术后垂体功能减低。
通常损伤一旦发生便无法修复，有些患者可能需要长期采用激素替代疗法，包括甲状腺激素、皮质激素、生长激素、雌激素或者睾酮等。
功能可以部分恢复，不需终生替代治疗
术后，患者会有垂体“受伤”的反应。例如，损伤垂体后叶会造成尿崩症(发生率在1-2%之间)，这是由于肾脏滤过的体液不能被重吸收，而大量排出体外的缘故。患者所产生的尿液如清水一般无色透明，还会出现尿频和烦渴。这些症状可以通过人工合成的抗利尿激素(即弥凝)进行替代治疗，效果较好。
多数患者在手术创伤和炎症消退后，垂体功能可以部分恢复，不需长期药物补充。另外，多数患者在垂体前叶组织大部分被切除后，剩余的垂体前叶组织仍然能够分泌足够的激素供人体正常活动，因此手术损伤并不代表需要终生替代治疗。
总之，随着显微手术技术的普及和提高，手术造成的垂体功能损伤的比例越来越少、程度越来越轻，多数患者术后垂体功能可逐渐恢复，不需要终身服药。
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