发现结膜炎尽早采取相应的治疗措施进行系统性治疗，一般不会留下后遗症。但是复杂性结膜炎病情不易控制，易引起视力下降、结膜改变或者是其他眼部并发症。
1、视力下降
有部分结膜炎反复发作，未及时治疗可诱发角膜炎。角膜炎会导致角膜受损，造成视力下降，看东西模糊不清。
2、结膜永久性改变
严重或者是慢性结膜炎反复发作，局部会形成结膜瘢痕导致结膜粘连、眼睑变形、继发性干眼等。
3、其他眼部并发症
结膜炎易反复发作，即便是疾病控制后也会再次复发，但是一般不会遗留其他病变，可是一些复杂性结膜炎或者是感染性结膜炎，仅消除局部症状，诱因未消除可诱发白内障、青光眼、视神经萎缩等其他眼部疾病。
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