肛瘘手术后，会有肛门疼痛后遗症，不过这种后遗症会随伤口恢复逐渐消失；若肛瘘手术操作不当，会引起肛门失禁、肛门畸形、肛周脓肿、尿潴留等后遗症。
1、肛门疼痛
做肛瘘手术时，即使手术成功，但术后恢复期也会有伤口疼痛、肛门刺激等后遗症。不过这种后遗症随着伤口恢复逐渐消失，不用过于担心。
2、肛门失禁
患有高位肛瘘，进行复杂性手术时，操作不当有可能会切断或误伤肛门直肠环，导致肛门失禁，大便常会不受控制排出，对正常生活影响很大。
3、肛门畸形
做肛瘘手术时操作不当，会让切除创口过大，瘢痕形成，导致肛门畸形、肛门狭窄。
4、肛周脓肿
肛瘘手术后，深部组织没有愈合，肛门皮肤已闭合，出现假性愈合，可出现肛周脓肿。
5、尿潴留
伴随着前列腺肥大的老年患者做肛瘘手术后，常会在术后24小时内出现尿潴留。
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