患者的病理学上肝癌诊断，病理组织学或细胞学检查是肝癌的诊断金标准的依据，但是在进行病理学诊断时仍然必须重视与临床证据相结合，二者只有在结合的情况下，才能发挥出最大的效用。
血清AFP阴性时,HCC应该与下列疾病进行鉴别:
继发性肝癌：多见于消化道肿瘤转移，还常见于肺癌和乳腺癌。患者可以无肝病背景，了解病史可能有便血、饱胀不适、贫血及体重下降等消化道肿瘤表现，血清AFP正常，而CEA、CA199、CA50、CA724以及CA242等消化道肿瘤标志物可能升高。影像学检查特点：
常为多发性占位，而HCC多为单发;
典型的转移瘤影像,可见“牛眼征”(肿物周边有晕环，中央缺乏血供而呈低回声或低密度);
增强CT或DSA造影可见肿瘤血管较少，血供没有HCC丰富;
消化道内窥镜或X线造影检查可能发现胃肠道的原发癌灶病变。
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