各种并发症的发生主要与患者身体状况及个体差异有关，另外与手术大小，放疗与否，外科医生经验，设施好坏均有关系。发生率百分之十到百分之三十不等。下面是一些常见的并发症。
1、感染：有颈部伤口感染和喉的感染。术前放疗、贫血及糖尿病的患者容易发生。感染的处理是切开引流，清除坏死组织以及异物。一般经过一段时间换药，感染创面会自行愈合。
2、伤口皮肤坏死：伤口皮肤坏死可表现为刀口交叉处皮肤发黑，由以下原因造成：1)伤口缘张力过大;2)切口设计不当，引起远端血运不足;3)粗暴手术操作;4)高剂量放疗;5)其它如血肿，感染等因素。
3、咽瘘是喉手术中最重的并发症，因为咽瘘造成的生理损伤最重，患者不能经口进食，要长期依赖鼻胃管喂养。唾液和分泌物易向下流入气管，造成肺炎，咽瘘还可引起颈部大血管暴露，不愈合，造成颈总动脉破裂，大出血死亡的危险。
4、气管造瘘口狭窄发生于全喉或近全喉切除术后，主要因为造瘘时气管粘膜与颈部皮肤吻合不严，或吻合处张力过大，引起瘢痕生长;术后环行瘢痕收缩，与个体瘢痕体质有关;
5、喉狭窄发生在部分喉切除的患者，发生原因：1)早期喉狭窄是由于声门创面肉芽组织形成。数月后自然消退;2)长期喉狭窄，患者多有放疗和喉感染史，引起软骨坏死和粘膜缺损，造成喉蹼形成，喉腔瘢痕或缺乏足够的喉软骨支架。
6、进食呛咳喉软骨切除后，喉上神经切除或损伤，声带关闭不良等原因，均可导致食物误入气管引起呛咳，严重可导致吸入性肺炎。
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