怀孕一般不会导致甲亢病情恶化，故甲亢并非妊娠的绝对禁忌症。一般建议甲亢患者最好是在疾病痊愈，完全停药后再怀孕。但如果患者现阶段病情已得到良好控制，仅需小剂量药物维持，也允许怀孕，一般认为不会增加孕期并发症，母亲和新生儿预后良好。
相反，如果甲亢病情控制不佳，则不宜怀孕。否则，容易引起流产、早产，另外，甲亢孕妇代谢亢进，不能为胎儿提供足够的营养及氧气，可导致胎儿生长受限、胎儿宫内窘迫。
在用药方面，甲亢孕妇应当选择丙基硫氧嘧啶而不是他巴唑，前者与孕妇体内蛋白结合后分子量较大，通过胎盘的速度缓慢，进入胎儿血的量较少，不会影响胎儿。此外，在妊娠期间，需密切监测甲状腺功能，及时调整丙基硫氧嘧啶剂量，使甲状腺功能维持在正常值上限的1/3水平，切不可用药过量，导致甲减，影响胎儿大脑发育。
抗甲状腺药物(ATD)可从乳汁分泌，影响胎儿甲状腺功能，故甲亢患者服ATD治疗时，不宜哺乳。
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