流感是由流感病毒引起的，流感病毒属于正粘病毒科，直径80-120nm，球形或丝状，基因组RNA病毒。流感病毒有三种类型:甲型(A类型)流感病毒，乙型(B流感病毒和丙型(C类型)流感病毒。
其中，A型最容易发生变异，可感染人类和各种动物。它是人类流感的主要病原体，常引起大、中、小流行。B型流感病毒变异较少，可感染人类，引起爆发或小流行。
C型相对稳定，可感染人类，多为散发病例。目前，猪也可以被感染。流感病毒不耐热，100℃1分钟或56℃30对常用消毒剂(1%甲醛、过氧乙酸、含氯消毒剂等)对紫外线敏感，耐低温干燥，真空干燥或-20℃下面还能存活。
甲型流感病毒是最常见的，可以广泛流行和人畜共患，如1997年在香港肆虐的禽流感，因此政府不得不屠宰150万只鸡。甲型病毒可根据结构重新划分，如甲型病毒H5N1毒株(香港禽流感病毒)H3N2(1995年发生在武汉)H1N1(1995年发生在德国)等。
由于不规则的基因突变，病毒衍生出新品种。甲型流感病毒变异是一种常见的自然现象，主要是H和N所谓H和N，是指甲流感病毒表面的两种蛋白质。
H是红细胞凝集素(Hemagglutinin)，它就像一把钥匙，帮助病毒打开宿主细胞的大门；N是神经氨酸苷酶(Neuraminidase)，能破坏细胞受体，使病毒在宿主体内自由传播。H和N甲型流感病毒的形态可以有15种H型和9种N类型排列组合，如H1N1和H5N1等。
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