1、消化系统疾病和功能障碍
患有系统性疾病的患者容易患口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明，30%-48口腔溃疡患者有腹胀、腹泻或便秘等消化道疾病。其中9%以上有消化道溃疡。
2、内分泌变化
一些女性患者经常发生在月经期，这可能与体内雌激素量的下降有关。有些女性在月经期间或月经前后都会出现口腔溃疡，药物治疗只能暂时缓解，下个月仍然出现，疼痛难以忍受，同时，往往伴有口干、不安、易怒、大便干燥等烦人症状。临床研究发现，月经期口腔溃疡主要是由于体内孕酮水平的增加和雌激素（孕酮等）水平的下降。
3、精神因素
有些病人在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能障碍有关。
4、遗传因素
如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80—90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。
5、其他因素
锌、铁、叶酸、维生素缺乏微量元素B12、营养不良可以降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡的可能性。病毒可能是口腔溃疡的启动因素，但患者血清中没有发现相关抗体，也没有关于病毒从口腔溃疡损伤组织中分离出来的报道。
细菌对口腔溃疡的作用已经提出了多年，与口腔溃疡密切相关的细菌包括血链球菌和幽门螺杆菌。超氧自由基的产生和清除率不平衡，血栓素B2和6酮前列腺素的比例紊乱和整体水平的下降会导致口腔溃疡。微循环障碍导致血流缓慢，血流低，毛细血管静脉端管径扩张，导致局部缺血和缺氧，导致粘膜膜损伤和溃疡形成。血清缺锌、缺铁、高铜等RAU发生有一定的相关性。
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