心肌酶升高是儿童心肌炎诊断的重要依据之一，但并非心肌酶谱中任何一项升高都支持心肌炎诊断，心肌酶谱中最有诊断价值的一项是肌酸激酶同工酶，即CK-MB，因为它主要来自于损伤的心肌细胞，具有心肌特异性。
心肌损伤时，同时释放其他多种酶，包括LDH、HBDH、CK，因此，如果只有CK-MB升高而不伴其他酶的升高，不一定有心肌损伤和心肌炎；反之只有其他酶的升高，而CK-MB正常就更不支持心肌炎，因为这些酶还可来源于骨骼肌和肝脏等许多其他组织。另外，婴幼儿由于细胞代谢活跃，正常心肌酶水平可高于成人，而且静脉取血时的束缚以及孩子的反抗均可造成非特异性肌酶的升高；另外还有检测方法的敏感性和准确性问题，目前国内多数医院检测的是CK-MB活性，以IU/L为单位，而一些三甲医院开展的CK-MBmass（质量）检测，以ng/ml为单位，较活性检测更为准确，因此建议CK-MB轻度升高的患儿可再做一下CK-MBmass检测，多数检测值会在正常范围，从而解除心肌炎的担忧，另外还可同时检测心肌特异性更强的指标肌钙蛋白以助诊断。另外一种特殊的情况是CK显著升高达数千或上万IU/L，同时伴有其他心肌酶的升高，但CK-MB不超过CK值的5％，这种情况多是肌病的表现而非心肌炎，应告知患儿就诊神经肌肉病专业。总之，心肌炎的诊断是综合临床症状体征和心肌酶、心电图、心脏超声等检查后做出的，应按照儿童心肌炎诊断标准进行诊断，不能将非特异心肌酶的升高诊为心肌炎，造成心肌炎诊断过滥；另一方面，由于心肌炎临床表现无特异性且轻重悬殊，也不能漏诊，尤其不能漏诊重症心肌炎造成严重后果。
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