治疗支原体衣原体感染，首选药物为大环内酯类抗菌药物,目前临床上常用的如红霉素、罗红霉素和阿奇霉素等。支原体或者衣原体感染以后，如果有临床症状，最好要进行抗支原体或者抗衣原体治疗。对于支原体或者衣原体感染比较敏感的抗生素，一般是大环内酯类药物，如红霉素、阿奇霉素、罗红霉素这类的药，治疗效果较好，疗程一般2～3周，要根据孩子的病情严重程度和年龄等决定抗支原体或者衣原体感染的疗程。
由于肺炎支原体衣原体是细胞外生存的最小微生物，是一类缺乏细胞壁的原核细胞型微生物,青霉素或头孢菌素类等主要抑制细菌细胞壁的合成而导致细胞破裂死亡的抗菌药物对其无效。、如果确定继发了细菌感染,可根据痰病原学检查,选用具有针对性的抗菌药物治疗。支原体和衣原体感染容易反复，所以在抗支原体或者衣原体过程当中，一定要保证足够的疗程和足够有效的剂量。
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