非淋菌性尿道炎通常指的是除淋球菌感染以外的尿道感染，致病菌多为细菌、滴虫以及沙眼衣原体和解脲支原体等。治疗方式多选择药物治疗，药物选择也根据不同病原微生物来进行对症治疗。
1.细菌
包括除淋病奈瑟菌以外的大多数致病细菌，如大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、克雷伯杆菌等感染引起的尿道炎，药物治疗选择抗G+球菌和G-杆菌的广谱抗生素，如青霉素、哌拉西林、头孢呋辛、头孢曲松、左氧氟沙星、环丙沙星以及多粘菌素等。
2.滴虫
阴道毛滴虫感染引起，药物治疗选择甲硝唑、奥硝唑、替硝唑、克霉唑等。
3.沙眼衣原体及解脲支原体
狭义上这两者统称为非淋菌性尿道炎，由沙眼衣原体或者解脲支原体感染导致，药物治疗选择四环素、多西环素、米诺环素、阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素等。
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