流感退烧后又发烧咳嗽的原因有很多，具体如下：
1、再次受凉感染
流感退烧后又出现发烧咳嗽的情况，有可能是病愈初期患者的免疫力还处于一个比较低的水平，发生再次感染，应积极对症治疗。
2、并发症影响
流感会存在呼吸系统、神经系统等并发症。患者可能是由于并发症导致的发烧咳嗽，应进行检查看是否存在支气管炎、肺炎、心肌炎等并发症，完善治疗方案。
3、未控制病毒影响
病原体未完全消失也会导致退烧后又发烧咳嗽，病毒在人体免疫恢复期再次入侵会导致再次发病。患者可服用相应抗生素和对症治疗。
4、支原体感染
患者在恢复初期感染支原体会导致流感退烧后又发烧咳嗽，通常支原体感染会引起肺炎造成患者出现发烧、咳嗽、流鼻涕等症状，患者可服用大环内酯或喹诺酮类抗生素进行治疗。
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