小儿百日咳前期可有似感冒现象，痉咳期出现阵发性痉咳，咳嗽终末时出现吸气性鸡鸣音，恢复期痉咳减少或消失。
小儿百日咳发病前期会出现类似感冒的症状（发病前期也叫痉咳前期）。如咳嗽、打喷嚏、流涕、流泪，低热或中度发热、且夜间咳嗽剧烈，且发病有加重的趋势。
如果发展到痉咳期，患者出现阵发性、痉挛性咳嗽，咳嗽终末出现深长的吸气性鸡鸣音，且面部表情痛苦。
痉咳发作前常有诱因，发作时常伴有喉痒、胸闷等不适预兆。还可表现出胸部压力增加所致的眼睑及颜面充血水肿、口唇发绀、眼结膜充血等症状；或阵咳所致腹部压力增高，表现为小便失禁、疝症等。
恢复期时，阵发性痉咳次数逐渐减少至消失，持续2～3周好转痊愈。
百日咳还可能诱发呼吸系统、神经系统、心血管系统、消化系统等并发症。如常见的气管炎、支气管炎、肺炎，百日咳脑病，严重患儿咯血、便血，以及由于百日咳所导致的呕吐和厌食，营养不良等症状。
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