不同部位的支原体感染和不同程度的支原体感染的治疗都是有区别的。而对于女性阴道炎的支原体感染，更有其特殊性。
因为正常女性阴道内就寄生着支原体等多数细菌，但在健康时并不引起疾病，因此医学上称其是正常菌群。这些细菌和微生物（支原体不属于细菌）是条件致病的，就是阴道内环境遇到破坏和自身免疫力下降时，它们才发生疾病。
因此说保健和注意个人卫生比治疗更为重要。支原体一般多采用大环内酯类抗生素治疗（包括红霉素、利君沙、罗红霉素、阿奇霉素等等），如果经常使用某些抗生素，则必然会产生耐药作用的，另外麦迪霉素对部分支原体有抑制作用。
如果有罗红霉素耐药，则不能使用，那么可以用红霉素或阿奇霉素治疗。但一定要注意使用方法，就是使用剂量要足够（保持一定的药物浓度）和治疗的疗程足够，才能避免治疗不彻底及产生耐药。
治疗期间最好禁止性生活，以免产生交叉感染及加重病情。另外注意个人卫生，勤换内裤，内裤注意消毒处理（或阳光下晒）。
白带多时，要每天清洗外阴（注意不要清阴道，以免破坏阴道的内环境反而加重病情）。注意休息，避免疲劳和合理的饮食等。
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