衣原体抗原检测的检查方法有：
1、病原体特异性抗原检测
是用已知抗体检测病人血清及其他体液中的待测抗原，借助免疫荧光技术、酶联免疫技术、化学发光技术、乳胶凝集试验、对流免疫电泳等技术检测标本中未知的病原体抗原，其诊断价值常因标本不同而各异。
无菌体液、血液等标本中，检测出特异性病原体抗原，具有诊断意义。标本中如果存在多种正常寄居微生物，可因交叉抗原存在而不能肯定诊断。
2、病原体核酸检测
临床常用的核酸检测技术主要有聚合酶链反应、核酸探针杂交技术和实时荧光定量PCR技术。
3、病原体分离培养检查
是微生物学检验中确诊的关键步骤，根据临床症状、体征和显微镜下检查做出病原学初步判断，选用最合适的培养方法，主要是选择适当的培养基，确定孵育条件然后根据菌落性质和细菌的形态、染色性、细菌生化反应结果和对分离作出鉴定，是临床上常用的一种检验方法。
可采集痰液、尿道分泌物、阴道或宫颈分泌物等做衣原体培养或PCR技术检查项目之一，可以判断有无衣原体、支原体感染性肺炎、非淋球菌感染性尿道炎、阴道炎、宫颈炎等。PCR技术近年来发展起来的恒温扩增技术检测，速度快、效率高。
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