支原体、衣原体感染的部位，主要有呼吸系统、泌尿生殖系统、中枢神经系统、眼部和耳道等。如果患者发生支原体、衣原体感染时，需及时就医完善检查，以明确感染部位，并在医生指导下进行针对性治疗。
1、呼吸系统：呼吸系统支原体、衣原体感染常见于咽喉、气管、支气管、肺部等部位，如咽炎、支气管炎、肺炎等疾病。
患者会出现发热、咽痛、乏力、头疼、咳嗽、咳痰等症状，痰液多呈白色黏痰，若患者感染较重，还可能会出现呼吸困难等;
2、泌尿生殖系统：泌尿生殖系统支原体、衣原体感染常见于尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎等部位，患者会出现尿频、尿急、尿痛、尿道烧灼感、排尿困难，以及尿道出现分泌物等症状;
3、中枢神经系统：中枢神经系统支原体、衣原体感染，可能会引起脑炎、脊髓炎、脑膜炎、心包炎、心内膜炎等疾病，患者会出现头晕、头疼、乏力、嗜睡，以及颈项强直、脑膜刺激征等症状;
4、眼部和耳道：眼部支原体、衣原体感染，可能会引起沙眼、结膜炎、角膜炎、葡萄膜炎等疾病，患者会出现眼部异物感、发痒、流泪、畏光，或者眼睛疼痛、视力下降，甚至耳道流脓等症状表现。
除此之外，身体其他部位如皮肤、软组织、肌肉等部位，也都会出现支原体、衣原体感染的感染，但相对少见。如果患者发生支原体、衣原体感染，建议及时就医根据感染部位和程度，在医生指导下使用四环素、红霉素、氧氟沙星等药物进行治疗。
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