引起移植排斥的抗原为移植抗原，即组织相容性抗原、是移植排斥的分子基础。其中，能引起较强排斥反应的组织相容性抗原称为主要组织相容性抗原(mhc抗原);引起较弱排斥反应的组织相容性抗原称为次要组织相容性抗原(mh抗原)。移植成功的关键即取决于供、受者间组织容性抗原是否一致或相近。
移植术后，受者t细胞通过直接和间接两条途径识别移植物上的同种异型mhc抗原，发动免疫应答。
移植物血管内或组织中的供者白细胞(过路白细胞)主要是树突状细胞，可从移植物中移出并进入受者体内，通过直接识别途径，将供者移植抗原呈给受者t细胞。受者的t细胞通过tcr特异性识别供者apc提呈的两种异基因mhc抗原。被识别的mhc抗原可以是mhc分子，也可以是mhc分子-抗原肽复合物。参与直接识别和应答的t细胞称不同种反应性t细胞。
在间接识别途径中，受者的apc对供者的mhc抗原进行加工、处理并将其提呈给受者t细胞，使之活化，引起排斥反应。
参与意识识别的t细胞又被称为自身mhc限制性t细胞。
受者cd4+t细胞和cd8+t细胞是参与同种移植排斥反应的主要细胞。cd4+t细胞主要识别mhc类分子+apc所提呈的抗原;cd8+t细胞主要识别mhc-类分子+apc所提呈的抗原。
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