由于移植肺直接与外界相通、移植手术造成肺的缺血、淋巴引流中断、肺缺乏神经反馈机制使咳嗽反射被抑制、纤毛的清除能力受损等，容易导致肺部感染。
主要有细菌感染、巨细胞病毒感染、疱疹病毒感染、呼吸道合胞病毒感染、腺病毒感染和真菌感染等。
其中，细菌感染是肺移植术后最常见的并发症，发病高峰为术后2周，可根据胸部x线检查、气管分泌物及气管肺泡灌洗液的细菌涂片与细菌培养以及血培养结果，并对照排斥反应的诊断标准，与排斥反应进行鉴别。
此外，巨细胞病毒感染占肺移植术后常见感染的第二位，发病高峰在术后2~6个月，临床表现为高热、干咳、呼吸急促，胸部X线表现为弥漫性边缘不清，可见结节性浸润病灶。经支气管镜活检（TBB），若在肺泡上皮细胞、巨噬细胞或血管内皮细胞核内找到嗜双色性巨细胞病毒包涵体即可确诊为巨细胞病毒感染。此外，pp56抗原检测、ELISA特异抗体检测以及巨细胞病毒DNA定量检测等都有助于巨细胞病毒感染的诊断与鉴别诊断。
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