慢性排斥（CD）是导致长期存活移植肾丢失的最主要原因，从而影响移植物的长期存活率和半寿期。慢性排斥与移植肾的存活密切相关。故需及早与相关肾病相鉴别
当慢性排斥时肾小球常有不同程度的硬化，且可出现复发性肾小球肾炎，即受者原有肾炎在移植背中复发，通过与受者原肾的病理结果进行比较可鉴别。
排斥反应性肾小球肾炎与局灶性肾小球肾炎需借助血管改变来区别。
严重排斥时，肾小球毛细血管丛基底膜明显增厚，应与膜性肾小球肾炎鉴别。膜性肾小球肾炎的主要特征是弥漫性肾小球基底膜增厚，免疫荧光染色显示在肾小球毛细血管基底膜中免疫球蛋白和补体弥漫性结节状沉积，电镜显示内皮下正常空隙有电子致密物沉积。
慢性排斥有时可见明显的间质硬化，需与慢性间质性肾炎鉴别。慢性排斥时肾间质硬化，核稀少，纤维疏松似间充质结构，炎性细胞少见。
而慢性间质性肾炎的纤维组织较致密，核丰富，并伴炎性细胞浸润
此外，慢性排斥还需与环孢素（CsA）或他克莫司（TAC）肾中毒相鉴别。CsA或TAC中毒时常见小动脉透明变性，慢性排斥则以闭塞性动脉病变为特征，小动脉则较少受累。
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