疱疹性咽峡炎不是手足口病，临床需要针对两种疾病进行区分。
疱疹性咽峡炎通常是单纯疱疹病毒感染导致，属于急性上呼吸道感染性疾病，病毒在侵入上呼吸道黏膜后，可引起口腔咽峡部发生疱疹，多数伴有剧烈的疼痛感，疱疹在1-2天可发生破溃，在局部形成溃疡。而手足口病是由肠道病毒感染引起的急性发热出疹性传染病，该病情虽然也可引起疱疹，但是主要发病部位在手、足以及口腔部位，并且症状相对较轻。由于两种疾病的临床表现以及感染病毒存在差异性，因此属于两种不同的疾病。
疱疹性咽峡炎和手足口病虽然不是同一种疾病，但是都属于病毒感染，两种疾病都可遵医嘱使用抗病毒药物治疗病情，比如利巴韦林颗粒、更昔洛韦片等。
都可能会引起发热，使用退烧药物，临床常用的药物有布洛芬缓释片、对乙酰氨基酚片等。若疱疹性咽峡炎患者发病期间，咽部疼痛感较为明显，可在医生指导下使用西地碘含片或冰硼散等药物缓解咽部疼痛。而手足口病发病期间，可遵医嘱使用炉甘石洗剂涂抹于疱疹部位，疱疹破损后可涂抹红霉素软膏、夫西地酸钠软膏等抗生素类药物，预防和治疗细菌感染。
患者还需要注意个人卫生，避免和他人进行接触，保持饮食清淡，定期对生活环境进行消毒，预防病情发生传播。同时在患病期间内，皮疹部位可能会引起瘙痒、疼痛等异常感，患者一定不可以进行抓挠，以免引起疱疹破裂，引起继发性感染，同时也可预防瘢痕的形成。
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