在正常情况下，子宫内膜覆盖于子宫体腔面，如因某种因素，使子宫内膜在身体其他部位生长，即可成为子宫内膜异位症，这种异位的内膜在组织学上不但有内膜的腺体，且有内膜间质围绕，在功能上随雌激素水平而有明显变化，即随月经周期而变化，但仅有部分受孕激素影响，能产生少量“月经”而引起性交痛等种种临床现象。
性交痛则是因为子宫内膜异位于子宫直肠陷凹、子宫骶骨韧带、阴道直肠隔时，性行为中病灶受到牵扯而引发的。性行为痛随性交的次数变多，性交幅度加大而加剧，有时候更甚于无法忍受。该种疼痛的轻重，与子宫内膜异位的具体位置，病灶大小有所关系。能够想象，倘若每次性行为都不能得到应该有的享受，而是被剧烈疼痛，精神紧张，下腹不适所困扰，性行为是难以进行的，即便勉强从事，亦是得不偿失。
毫无疑问，这种欲罢而不能的烦恼，对病人心理，情绪及身体的影响是非常大的，很容易导致心身两方面的恶性循环。要消除子宫内膜异位症造成的性烦恼，其根本办法是彻底根除异位的子宫内膜。
如直肠前壁受累，则可发生经期大便疼痛，有时内膜病变围绕直肠扩展形成狭窄环，与癌瘤极为相似，肠道受侵约占内膜异位症左右。病变常位于浆膜及肌层，很少粘膜受侵而发生溃疡。偶有由于在肠壁形成肿块或造成纤维性狭窄或粘连引起肠管过度屈曲而发生肠梗阻，并可发生刺激症状，如间歇性腹泻，月经期更加重。
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