HPV指的是人乳头瘤病毒，人乳头瘤病毒阴性也存在患有扁平疣的可能性，多是因为
扁平疣主要是由于人乳头瘤病毒感染所引起的，但也可能是由于日光暴露、免疫系统功能低下、外伤等诱发因素导致的扁平疣。所以，不能单纯的根据人乳头瘤病毒来判断是否会感染扁平疣。
在临床上扁平疣主要是由于人乳头瘤病毒感染所引起的，一般可以通过直接接触患处或者是接触被患者污染的用品等进行传播，多是因为当皮肤出现破损时，人乳头瘤病毒会通过破损处侵入皮肤，感染皮肤表面的细胞，并在体内复制增殖，进而引起细胞的异常分化和增生，引起皮肤出现良性赘生物，形成扁平疣。
但扁平疣的病因除了人乳头瘤病毒感染外，也会有一些诱发因素导致，比如：日光暴露也是一种诱发因素，尤其是对于面部、手部、前臂等日光容易暴露照射的地方会增加患有扁平疣的几率；对于免疫系统功能低下的人群，包括艾滋病携带者、艾滋病患者、接受过器官移植的患者等，也有可能会增加患有扁平疣的几率。
不能单纯的根据人乳头瘤病毒检查结果，来判断是否会患有扁平疣。
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