益生菌的最佳服用时间因人群和目的而异，包括饭后服用和空腹服用，饭后服用是较为推荐的服用方法。
1、饭后服用：大多数益生菌是不耐胃酸的，饭后服用可以减少胃酸对益生菌的破坏，使其更好地在肠道内定植并发挥作用。饭后食物可以中和胃酸，降低胃内酸度，为益生菌提供一个更为适宜的生存环境、一般建议在饭后半小时到一小时左右服用益生菌，这样可以确保益生菌在胃内停留时间较短，尽快进入肠道发挥作用。
2、空腹服用：虽然一般情况下不建议空腹服用益生菌，但对于某些特定人群或目的，如婴幼儿或需要快速吸收的情况，空腹服用可能更为合适。婴幼儿在饭前空腹的状态服用益生菌，有利于肠道吸收药物，使药效发挥最佳。空腹服用益生菌时，由于胃酸浓度较高，可能会对益生菌造成一定的破坏，因此建议选择耐胃酸或包埋技术的益生菌产品，以提高其存活率。
益生菌为活菌制剂，适合在人体内存活。最佳生长温度约为37℃，因此应该用35-40℃的温开水冲服或吞服。避免使用沸水冲服，因为高温可能导致益生菌失去活性。冲调好的益生菌应尽快服用，粉末状益生菌处于休眠状态，遇水后才会发挥活性。在体外存放时间过长，会导致其活性明显下降，从而失去功效。
益生菌的最佳服用时间一般建议在饭后半小时到一小时左右。但具体服用时间还需根据个人情况、产品说明和医生建议来确定。
