儿童支原体感染的首选药物是大环内酯类抗生素，如阿奇霉素、罗红霉素等。阿奇霉素适合6个月以上的婴儿服用，一般采取序贯疗法，第1个疗程口服3-5天，然后休息4天之后再服用3天。其他大环内酯类药物并没有时间的限制和年龄的限制，可以连续服用。
如果孩子存在对大环内酯类药物耐药的情况，可以选择四环素类抗生素，如多西环素、米诺环素等，一般服用7-10天。对于18岁以上的成人，可以选择喹诺酮类抗生素，例如莫西沙星。
除了药物治疗，对于咳嗽严重的孩子，还可以配合使用布地奈德等吸入止咳平喘的药物进行治疗。
免疫力相对成人较弱的儿童很容易被支原体感染，而且支原体感染相较于细菌和病毒来说毒性比较小，但还是会引起机体的免疫炎性反应，所以感染支原体后会影响到不同的组织器官，其中最为常见的就是呼吸道。支原体的呼吸道感染有一定的传染性，主要是通过飞沫经呼吸道传播。
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