由于子宫肌瘤与雌激素有关，因此治疗肌瘤的药物多数与降低雌激素水平或拮抗雌激素有关。常用药物有：
一、促性腺激素释放激素激动剂GnRHa
GnRHa能导致大多数患者的闭经，并且三个月的治疗可使患者的肌瘤体积减少约35-65%，但停药数个月内，肌瘤的大小会逐渐恢复到治疗前的大小。因此作用是暂时的，主要用于大肌瘤行腹腔镜手术或宫腔镜手术困难缩小肌瘤后手术可降低手术难度。
二、芳香化酶抑制剂
芳香化酶抑制剂在使用1天后可以减少组织卵巢和外周雌激素的产生，降低雌激素的水平。基于它们的作用机制，这些药物见效较快，但是副作用要远少于GnRH类似物。若干小样本研究与个案报道观察到芳香化酶抑制剂可以减少子宫肌瘤的大小与症状。
三、米非司酮
米非司酮抗孕激素活性能对子宫肌瘤中高于正常水平的孕激素受体起作用。若干个研究显示高剂量米非司酮可以减少肌瘤的体积大约26-74%。其效果可以和使用促性腺激素类似物相比，并且在停米非司酮后肌瘤的复发率较低。在使用米非司酮后闭经率可达90%，在盆腔压迫改善的同时，骨密度保持稳定。米非司酮的副作用有子宫内膜增生、子宫内膜癌和一过性的转氨酶水平升高。
子宫肌瘤目前缺乏一个简单、价廉、安全有效的长期药物治疗方案，这就是说，有症状的子宫肌瘤主要还是手术治疗。
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