多数病毒性脑炎患儿预后良好，但部分可能出现神经系统后遗症。后遗症风险与脑损伤程度、病毒类型、治疗时机等因素相关，常见表现包括认知障碍、运动功能障碍、癫痫发作等。
部分患儿可能出现记忆力减退、注意力不集中或学习能力下降等认知功能障碍。这与病毒侵袭大脑皮层或海马体等区域有关，早期进行认知康复训练可改善症状。
病毒损伤运动神经通路可能导致肢体瘫痪、共济失调或精细动作障碍。基底节区或小脑受累时尤为明显，物理治疗和运动功能训练对恢复至关重要。
约20%-30%患儿可能出现继发性癫痫，与脑炎导致的异常放电灶形成有关。需长期脑电图监测，必要时使用抗癫痫药物控制发作。
部分患儿会出现情绪不稳定、攻击行为或社交障碍等精神症状，与额叶、颞叶受损相关。心理干预和行为矫正能有效改善生活质量。
少数严重病例可能出现视力减退、听力下降等感觉异常，源于病毒对视神经、听神经的损害。感觉统合训练有助于功能代偿。
病毒性脑炎康复期需注重营养支持，保证优质蛋白和必需脂肪酸摄入，如鱼类、坚果等；定期进行运动功能评估，制定个性化康复计划；保持规律作息，避免过度疲劳；密切观察患儿情绪和行为变化，必要时寻求专业心理支持；遵医嘱定期复查脑电图和影像学检查。早期系统干预可显著降低后遗症发生率，多数轻度后遗症在1-2年内可逐步改善。
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