病毒性结膜炎一般7-14天可痊愈，实际恢复时间受到病毒类型、免疫力水平、是否合并细菌感染、治疗依从性、用眼卫生等因素影响。
腺病毒引起的流行性结膜炎病程较长，通常持续2-3周；肠道病毒或单纯疱疹病毒导致的结膜炎多在1周内缓解。不同病毒对眼表组织的侵袭力差异直接影响炎症消退速度。
儿童和老年人因免疫功能较弱，恢复期可能延长至3周。糖尿病患者或长期使用免疫抑制剂者，病毒清除效率降低，易出现反复发作。保持充足睡眠和均衡营养有助于缩短病程。
约30%病例会继发细菌感染，表现为黄色脓性分泌物增多，此时需加用抗生素滴眼液。合并感染可使病程延长5-7天，需通过微生物培养确认病原体。
早期使用更昔洛韦滴眼液能缩短疱疹病毒性结膜炎病程。冷敷可缓解充血症状，但自行使用含激素眼药水可能加重病毒感染。需严格遵医嘱完成疗程。
接触眼部分泌物后未彻底洗手会导致重复感染。患病期间应避免佩戴隐形眼镜，毛巾需每日煮沸消毒。过度用眼会加重结膜充血，建议每小时闭目休息10分钟。
病程中建议增加富含维生素A的食物如胡萝卜、菠菜，促进角膜上皮修复。避免辛辣刺激饮食减少结膜充血。恢复期可进行眼球转动训练改善血液循环，但游泳等可能污染眼部的运动需暂停。若14天后仍存在明显畏光、视力模糊或眼痛加剧，需排查角膜并发症。儿童患者出现眼睑水肿持续不褪时，应及时复查排除过敏性结膜炎混合感染。
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