儿童脑炎不一定会有后遗症，后遗症发生概率与病情严重程度、治疗及时性、病原体类型等因素相关。
轻度脑炎患儿若早期接受规范治疗，通常不会遗留后遗症。病毒性脑炎中，肠道病毒等引起的轻型病例预后较好，而单纯疱疹病毒性脑炎等重症则可能伴随神经系统损伤。
发病48小时内接受抗病毒或抗感染治疗可显著降低后遗症风险。延误治疗可能导致脑实质不可逆损伤，增加癫痫、运动障碍等远期并发症概率。
乙型脑炎病毒更易造成基底节区损伤，遗留锥体外系症状；结核性脑膜炎易导致脑积水；自身免疫性脑炎及时免疫治疗则较少遗留功能障碍。
婴幼儿中枢神经系统代偿能力较强，部分功能损伤可通过神经重塑改善。但2岁以下患儿脑发育关键期受损可能影响语言、认知等高级功能。
急性期后6个月内是黄金康复期，运动疗法、作业疗法等综合康复可促进神经功能代偿。约60%运动障碍患儿经系统康复可恢复正常生活能力。
建议出院后定期随访神经系统发育评估，保证充足蛋白质和Omega-3脂肪酸摄入促进髓鞘修复，避免剧烈运动加重脑耗氧。对于存在肢体功能障碍的患儿，水中运动等低冲击训练可改善肌肉协调性。认知训练建议采用积木拼搭、图画识别等游戏化方式进行，每日总干预时间不宜超过2小时。睡眠障碍患儿需保持规律作息，必要时在神经科医师指导下进行睡眠调控。
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