儿童病毒性脑炎多数可以治愈。病毒性脑炎的治疗效果与病毒类型、病情严重程度、治疗时机等因素有关，主要治疗方式包括抗病毒治疗、免疫调节、对症支持治疗等。
针对特定病毒类型可使用抗病毒药物，如阿昔洛韦治疗单纯疱疹病毒性脑炎，更昔洛韦适用于巨细胞病毒感染。早期足疗程用药可显著改善预后，但需在医生指导下严格监测药物不良反应。
重症患者可能需要静脉注射免疫球蛋白或糖皮质激素控制过度免疫反应。免疫调节治疗能减轻脑水肿和神经损伤，尤其对自身免疫性脑炎或急性播散性脑脊髓炎效果显著。
控制颅内压常用甘露醇脱水，癫痫发作需用丙戊酸钠等抗癫痫药物。维持水电解质平衡、营养支持及呼吸道管理是基础治疗，可预防多器官功能衰竭。
急性期后存在运动障碍或认知损伤的患儿需早期康复训练，包括物理治疗、作业治疗和语言训练。神经可塑性在儿童期较强，多数功能缺损可通过康复逐步改善。
密切监测肺部感染、深静脉血栓等并发症。部分患儿可能出现注意力缺陷等后遗症，需定期随访评估神经系统发育情况，必要时进行行为干预。
病毒性脑炎患儿康复期需保证优质蛋白和维生素摄入，如鱼类、蛋类及深色蔬菜。适度进行平衡训练和认知刺激活动，避免剧烈运动。保持规律作息，定期复查脑电图和头颅影像学。多数轻中度患儿经规范治疗可完全恢复，重症患者可能遗留不同程度后遗症，需长期随访管理。
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