引起痢疾的肠道杆菌主要是志贺菌属Shigella，包括痢疾志贺菌、福氏志贺菌、鲍氏志贺菌和宋内志贺菌四种主要类型。
痢疾志贺菌是志贺菌属中毒力最强的菌种，可导致典型细菌性痢疾。该菌通过粪-口途径传播，侵入结肠黏膜上皮细胞后产生志贺毒素，引起剧烈腹痛、里急后重及黏液脓血便等症状。实验室诊断需进行粪便培养和血清学分型。
福氏志贺菌在发展中国家较为常见，其产生的肠毒素可破坏肠黏膜屏障功能。感染者除出现腹泻症状外，还可能伴有发热和全身中毒症状。该菌对多种抗生素敏感性下降，治疗前应进行药敏试验。
鲍氏志贺菌引起的痢疾症状相对较轻，但易转为慢性感染。该菌具有特殊的O抗原结构，可通过分子生物学方法鉴别。慢性感染者可能出现肠道功能紊乱和营养不良等并发症。
宋内志贺菌在发达国家更为流行，致病力相对较弱。感染者常见水样腹泻，血便发生率较低。该菌能产生β-内酰胺酶，对青霉素类抗生素天然耐药，临床治疗多选用第三代头孢菌素。
某些大肠埃希菌如肠侵袭性大肠埃希菌EIEC也可引起痢疾样症状，其致病机制与志贺菌相似。这类细菌通过质粒编码的侵袭性基因侵入肠上皮细胞，临床表现与细菌性痢疾难以区分，需通过PCR等分子检测鉴别。
预防志贺菌感染需注意饮食卫生，避免食用未煮熟食物和污染水源。出现持续腹泻伴发热时应及时就医，粪便标本需在抗生素使用前送检。治疗期间建议补充电解质溶液，食用易消化的低纤维饮食如米粥、面条等，避免乳制品加重腹泻症状。恢复期可逐步增加蛋白质摄入，适当补充益生菌调节肠道菌群平衡。
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