肛瘘一般建议在炎症控制后、瘘管形成稳定期进行手术。手术时机需结合病情严重程度、是否合并感染等因素综合评估，通常选择非急性感染期实施。
肛瘘手术时机需优先考虑局部炎症状态。若处于急性脓肿期，需先通过抗生素如头孢克肟分散片、甲硝唑片控制感染，待红肿热痛消退后再行手术。慢性期瘘管壁纤维化明显且无活动性渗出时，手术视野清晰，可降低复发概率。合并糖尿病等基础疾病者需将血糖控制在稳定范围，避免术后愈合不良。儿童肛瘘因自愈概率较高，若反复发作或伴随肛周脓肿，需在专业评估后择期手术。妊娠期患者若非紧急情况，通常建议分娩后再处理。
术后需保持肛门清洁干燥，每日用高锰酸钾溶液坐浴，穿宽松透气衣物。饮食宜选择高纤维食物如燕麦、西蓝花预防便秘，避免辛辣刺激食物。恢复期避免久坐或剧烈运动，定期复查瘘管愈合情况。若发现分泌物增多、发热等感染迹象应及时就医。
