肉苁蓉的副作用主要表现为胃肠不适、头痛、过敏反应等，多数情况下在医生指导下正确使用是安全的。肉苁蓉的使用过程中可能出现的不良反应有腹泻、恶心，部分人群可能因过敏出现皮肤瘙痒或皮疹。
肉苁蓉作为一种传统中药材，过量可能引起胃肠刺激，导致腹泻或腹部不适。未经炮制的生品刺激性更强，建议选择炮制过的肉苁蓉以减少不良反应。个别体质敏感者可能出现皮肤潮红或轻度头晕，这与其中含有的苯乙醇苷类成分有关。长期大剂量服用可能干扰电解质平衡，尤其是低钾人群需谨慎。孕妇及哺乳期女性因安全性数据不足，不建议自行使用。
特殊情况下，与其他药物联用可能增强降压或降糖效果，需警惕血压或血糖异常波动。自身免疫性疾病患者使用可能激活免疫反应，加重原有症状。肝肾功能不全者代谢能力下降，容易造成活性成分蓄积。极少数报道显示超剂量使用可能诱发心悸或失眠，但停药后可缓解。儿童青少年生长发育期若无明确适应证，应避免盲目进补。
使用肉苁蓉出现不良反应时应立即停药并就医，避免同时摄入辛辣刺激食物加重胃肠症状。日常储存需置阴凉干燥处防止霉变，建议在中医师辨证指导下合理配伍使用。服药期间保持饮食清淡，定期监测血压血糖等指标变化，出现异常及时调整用药方案。
