荆芥具有解表散风、透疹消疮、止血等功效，主要用于治疗感冒头痛、麻疹不透、风疹瘙痒、疮疡初起以及吐血衄血等症状。
荆芥辛散气香，能祛风解表，药性平和，对于外感表证，无论风寒、风热或寒热不明显者，均可广泛使用。风寒感冒表现为恶寒发热、头痛无汗者，常与防风、羌活等配伍；风热感冒表现为发热头痛、目赤咽痛者，常与金银花、连翘等同用。
荆芥质轻透散，能宣散疹毒，常用于麻疹不透、风疹瘙痒。麻疹初起、疹出不畅，常与蝉蜕、薄荷等配伍；风疹瘙痒或湿疹瘙痒，可与苦参、防风等药同用。其祛风解表、宣毒透疹功效，还可用于疮疡初起有表证者。
荆芥炒炭后性变苦涩，具有收敛止血作用，可用于多种出血证。吐血、衄血等上部出血，可配伍白茅根、侧柏叶；便血、崩漏等下焦出血，常与地榆、槐花等同用。传统认为荆芥炭长于止血，但临床也证实生荆芥具有明显止血效果。
现代研究表明，荆芥含有挥发油成分，具有抗炎、抗菌、抗病毒等作用。其煎剂对金黄色葡萄球菌、白喉杆菌等有较强抑制作用，对流感病毒也有一定效果。临床可用于疮痈肿痛等炎症性疾病。
荆芥中的某些成分具有中枢抑制作用，可产生镇静、镇痛效果。对于感冒头痛、风湿痹痛等症，荆芥可通过解表祛风、通络止痛发挥治疗作用。但该功效的临床价值仍需更多研究验证。
使用荆芥时需注意，表虚自汗、阴虚头痛者慎用。荆芥不宜久煎，入汤剂宜后下，通常用量为5-10克。治疗出血症宜炒炭用，治疗表证宜生用。作为常用中药材，荆芥既可单用，也可与其他药物配伍使用，建议在中医师指导下根据具体病情选择适当用法用量。日常食疗可将鲜荆芥嫩叶作凉拌菜食用，但过敏体质者需谨慎尝试。
