艾草具有温经散寒、祛湿止痛、止血安胎等作用，主要用于治疗虚寒性出血、风湿痹痛、宫冷不孕等病症。
艾草性温，归肝、脾、肾经，能温通经络、驱散寒邪。对于因寒凝经脉导致的痛经、月经不调、小腹冷痛等症状有改善作用。临床常用艾叶配伍当归、川芎等药材制成艾附暖宫丸，或通过艾灸直接作用于关元、气海等穴位。寒凝血瘀型痛经患者可表现为经血色暗、夹血块，遇热痛减，舌质紫黯等症状。
艾草芳香化湿的功效对风湿关节疼痛、湿疹瘙痒等湿邪致病有效。鲜艾叶捣烂外敷可缓解关节肿胀，艾条熏蒸能改善皮肤湿疹。风湿性关节炎患者常见关节沉重酸痛、阴雨天加重；湿疹多伴随皮肤糜烂渗液。需注意外用可能引起皮肤过敏，出现红斑应停用。
艾叶炭具有收敛止血作用，适用于崩漏、胎漏下血等病症。胶艾汤中艾叶与阿胶配伍可治疗妊娠期阴道少量出血，但需在医生指导下使用。先兆流产患者常见腰酸腹痛、阴道出血，须与异位妊娠等急症鉴别。过量服用可能导致口干咽燥等燥热症状。
艾草挥发油对金黄色葡萄球菌等病原微生物有抑制作用，民间常用艾烟熏蒸空气消毒。艾叶水煎液坐浴可辅助治疗阴道滴虫病，悬挂干艾束能驱避蚊虫。使用时应避免直接接触黏膜，过敏体质者慎用。实验显示艾叶油对螨虫、蛔虫等寄生虫有杀灭效果。
艾草能温中健脾，改善脾胃虚寒所致的腹泻、食欲不振。艾叶红枣茶适用于胃脘冷痛、大便溏薄者，艾灸足三里穴可增强消化功能。慢性胃炎患者常见饭后腹胀、喜温喜按，舌淡苔白等表现。阴虚内热者禁用，以免加重口干舌燥等症状。
使用艾草应根据具体症状选择适宜方式，内服建议使用药典规定的3-9克剂量，外用需注意皮肤耐受性。虚寒体质者可日常用艾叶泡脚，但阴虚火旺者不宜长期使用。艾灸治疗需由专业人员操作，避免灼伤皮肤。出现皮疹、头晕等不良反应应立即停用，孕妇使用前务必咨询中医师。日常保存应置于阴凉干燥处，防止霉变影响药效。
