治疗肛瘘通常无法通过药物自愈，手术是目前公认最好且根治的方法，主要术式包括肛瘘切开术、肛瘘挂线术、括约肌间瘘管结扎术、视频辅助肛瘘治疗及生物蛋白胶封堵术。
肛瘘切开术是将瘘管全部切开开放，使其由管道变为开放性创面，依靠肉芽组织生长填充愈合。该方法适用于低位单纯性肛瘘，即瘘管穿过肛门外括约肌深层以下的情况。手术能彻底清除感染源和坏死组织，复发率较低，但术后创面较大，愈合时间相对较长，需要患者定期换药并保持局部清洁，直至创面完全上皮化。
肛瘘挂线术利用橡皮筋或药线的机械压迫作用，缓慢切割瘘管及括约肌，同时起到引流和标记作用。此法特别适用于高位复杂性肛瘘，能有效避免一次性切断括约肌导致的肛门失禁风险。在切割过程中，周围组织会产生炎症粘连，固定断端，从而保护肛门功能。术后需配合紧线操作，直至瘘管被完全勒开，过程虽长但安全性高。
括约肌间瘘管结扎术是一种保留括约肌功能的微创手术，通过在括约肌间隙找到并结扎瘘管，阻断感染来源。该术式不直接切断肛门括约肌，最大程度减少了对肛门控便功能的影响，适合对生活质量要求较高的高位肛瘘患者。手术创伤小，疼痛轻，术后恢复快，但对医生解剖知识要求严格，若瘘管分支复杂可能影响疗效。
视频辅助肛瘘治疗借助内窥镜系统直视下探查瘘管走行，精准清除内部感染组织并闭合内口。这种方法能够清晰显示瘘管的分支和死腔，避免盲目探查造成的副损伤，尤其适用于复发性或走行曲折的复杂肛瘘。手术视野清晰，操作精细，有助于提高治愈率并缩短术后恢复周期，是目前较为先进的微创治疗手段之一。
生物蛋白胶封堵术是将医用生物胶注入清理后的瘘管内，利用其粘合和促进组织再生的特性封闭瘘管通道。该方式无需大范围切开组织，几乎无创，极大减轻了术后疼痛，适合惧怕手术或身体条件较差无法耐受传统手术的患者。但由于个体差异，部分患者可能出现胶水脱落导致复发，常作为其他手术方式的补充或特定人群的首选方案。
肛瘘患者术后应注重饮食调理，多摄入富含膳食纤维的蔬菜水果如芹菜、香蕉等以保持大便通畅，避免辛辣刺激食物和饮酒以防充血水肿。日常需坚持温水坐浴以促进局部血液循环和伤口清洁，穿着宽松透气的棉质内衣减少摩擦。务必遵医嘱按时换药复查，观察伤口愈合情况，若出现发热、剧烈疼痛或分泌物异常增多等现象应及时就医处理，切勿自行用药延误病情。
