肛周脓肿可通过调整饮食、温水坐浴、药物治疗、切开引流、根治手术等方式治疗，其中根治手术效果最确切。
肛周脓肿患者宜进食易消化、富含膳食纤维的食物，如西蓝花、香蕉、燕麦，适量喝水，保持大便通畅，减少排便时对肛周区域的刺激和疼痛。避免辛辣刺激性食物和酒精，以免加重局部充血与炎症。合理的饮食结构是基础支持，但无法消除已形成的脓肿，只能辅助病情恢复。
温水坐浴能清洁肛周皮肤，促进局部血液循环，缓解肌肉痉挛和疼痛，减轻炎性水肿。患者可取温度适宜的温水坐浴，每次持续时间不宜过长，浴后轻轻擦干。该方法属于物理疗法，对早期肛周不适和术后恢复有帮助，但不能替代抗生素或手术处理脓肿本身。
肛周脓肿常由细菌感染引起，多表现为肛周持续性跳动性疼痛、红肿、发热等症状。可以在医生指导下使用阿莫西林胶囊、甲硝唑片、布洛芬缓释胶囊等药物。阿莫西林胶囊和甲硝唑片用于抗感染，布洛芬缓释胶囊用于缓解疼痛与炎症。药物能控制感染蔓延和减轻症状，但对已形成的脓液难以根除，需配合其他治疗。
当脓肿成熟形成明显波动感时，医生通常会进行肛周脓肿切开引流术。通过切开皮肤排出脓液，可迅速降低肛周张力，显著缓解疼痛，是急性期最直接的排脓方法。此操作属于外科处理，须由专业医生在医院内完成，术后需要换药和保持引流通畅。切开引流能解除紧急症状，但部分患者日后可能形成肛瘘，需要二期处理。
肛周脓肿根治性切除术是效果最确切、复发风险较低的治疗方法。该手术在切开引流的同时，仔细寻找并处理感染源和内口，切除可能存在的瘘管组织，达到一次性治愈的目的。对于条件合适的患者，根治性手术能最大程度降低肛周脓肿转变为肛瘘的概率，是目前临床上治疗肛周脓肿效果最好的方式。
治疗肛周脓肿后，患者需要加强肛周护理，保持局部干燥清洁，便后可用温水清洗，饮食遵循清淡原则，增加蔬菜水果摄入，适量饮水，规律运动但要避免久坐和剧烈运动，同时注意休息，保证充足睡眠。若伤口出现渗血、裂开、疼痛加剧、发热等异常表现，应尽快返回医院复查，严格遵照医生安排进行伤口换药和随访，以促进创面顺利愈合，降低复发风险。
