男女生殖器肛门尖锐湿疣的诊断通常是不需要病理活检，但在醋酸白试验和临床鉴别比较困难时，需要做组织病理学检查以明确诊断。
尖锐湿疣的组织病理检查的特征性改变是，颗粒层和棘层中上部发现凹空细胞，具有重要的诊断价值，凹空细胞的胞体常大、染色深、细胞核不大、核边缘不齐或无异型性，越向表皮浅层凹空细胞之胞浆空泡化越明显，不同的病人及不同的部位，凹空细胞有所不同
需要注意的是，组织病理标本可因疣体持续时间的长短及既往的治疗而影响结果，导致缺乏典型的局灶性分布的诊断性凹空细胞而使组织病理不典型。
例如尖锐湿疣和假性湿疣临床表现上有许多相似之处，易混淆，尖锐湿疣的组织病理除可见凹空细胞外，上皮增生显著，角化不良及角化不全明显，棘细胞层及基底层细胞增生显著，并见核分裂，而甲型湿疣上皮增生不显著，上皮层次薄，无角化不良及基底细胞增生。
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