如果怀疑自己已经染上了灰指甲，但是反复进行直接镜检法和培养法均为阴性时，可以采用甲标本的组织病理学检查，提高诊断率。另外，有时真菌仅附着于甲床上，没有侵入性的，而培养时可为阳性，但有可能实际上是假阳性，用组织病理学检查就可以了解真菌是否真的有致病性。
1.PAS染色法
采用不累及甲床的方法获取甲标本，如用镊子或者甲钳子获得部分病甲或全部病甲甲板。然后将标本置于4%的福尔马林溶液内，然后置于含氯化汞、硝酸、铬酸、95%乙醇及水的溶液中浸泡2天进行软化，分别在70%乙醇、95%乙醇、二甲苯液中洗3小时，或者标本置于10%吐温40溶液中浸泡一整夜进行软化，然后用石蜡包埋后切片，采用PAS染色。在40×的高倍镜下观察，可以清楚的看见紫红色真菌的形态即菌丝和孢子。
2.电子显微镜观察
本方法目前不作为灰指甲检查的常规方法，对于临床上认为是灰指甲，但是采用常规方法未能检测出真菌的，可以使用电子显微镜观察。结果显示电子显微镜可以大大地提高甲真菌病的诊断率，还可以观察真菌的侵袭情况。
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