免疫组织化学染色法也是组织病理学检查灰指甲的一种方式，该方法能够清楚的观察到甲组织是腐生菌的污染还是病原菌的侵袭。在灰指甲的领域里，采用免疫组化的方法来检查标本可以针对特异的单克隆抗体获得肯定的诊断。通过免疫组化法，可以针对不同真菌特异性抗体的测定也证实了混合感染确实存在。
1.免疫组织化学染色法的操作方式
免疫组织化学法首先将甲标本浸泡于10%吐温40水溶液中，软化组织后用石蜡包裹切片，然后用直接免疫荧光、免疫过氧化物酶或亲和生物素复合无方法，通过针对真菌菌种的特异性单克隆抗体获得肯定的诊断。
2.可以鉴定的菌种
特异的单克隆抗体包括抗毛癣菌、抗白色念珠菌、抗曲霉菌的单抗，目前可以鉴定的菌种还有包括念珠菌属的白色念珠菌、副热带念珠菌，克柔念珠菌、短帚霉属和镰刀菌属等。
3.免疫组织化学染色法的优势和缺点
免疫组织化学法与培养法结合能更清楚地了解，甲组织内真菌是腐生菌的污染还是病原菌的侵袭生长，而且还可证实混合感染的存在。
其缺点是标本易从玻片上脱落，真菌菌丝很容易失去正常的形态，因为单抗种类有限，不可能鉴定所有的菌种。
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