有经验的医师根据灰指甲的症状，再加上一项真菌学检查阳性很容易就能作出灰指甲的诊断。说起来容易做起来难，在灰指甲的检查过程中只要稍有疏忽就会造成误诊。所以，灰指甲的检查应当引起重视，除了较为常见的真菌直接镜检、真菌培养和甲组织病理学检查之外，还有一些非主流的新型的技术也能有效帮助检查灰指甲。
1.流式细胞法
流式细胞法可以在分子水平上鉴定真菌，是第二种对真菌感染的灰指甲的诊断技术。这种技术成功地应用判定细菌和真菌不同微生物的分子性质，可以准确地鉴定甲板上存在的真菌菌种，除此之外还可以明确甲组织标本中不同的菌种类型、数目和总量。这一技术可用于灰指甲的微生物研究。
2.分子生物学研究方法
本方法对念珠菌的研究较多，很少见用于灰指甲的诊断报道上。总之，灰指甲的诊断要从临床结合真菌学检查结果作出。
一次直接镜检、培养阴性不能排除诊断，要多次检查方可排除。对于念珠菌感染的灰指甲来说，临床上有念珠菌甲沟炎，在慢性粘膜皮肤念珠菌病、雷诺病、柯兴综合征时，甲板内有酵母及菌丝，培养分离到白色念珠菌，则可诊断为念珠菌性甲真菌病。如镜下仅见酵母菌，分离到的不是白色念珠菌，组织病理学检查、单克隆抗体技术也可以帮助确定酵母菌的致病性。
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