生殖器疱疹主要通过性交传染，性交时生殖器皮肤黏膜之间的摩擦造成轻微的损伤就可使单纯疱疹病毒有可乘之机，侵入到人体。发病的部位在男性多见于阴茎、龟头及包皮，女性多见于外阴、阴道及宫颈。在男男同性恋者，疱疹多见于肛门周围。
生殖器疱疹的症状较轻，发作后几天就可愈合，但令人头痛的是一旦染上生殖器疱疹后，容易复发。
有时一年要复发好几次，持续多年。这是因为机体在感染了单纯疱疹病毒后，很快就产生了抗体，依靠身体的免疫反应，局部的病毒很快被清除了。但有些病毒可以沿周围神经逆行至相应的神经节中潜伏下来。一旦机体抵抗力下降如疲乏、工作劳累、精神紧张、大量饮酒、女性月经前后等因素它们就会活跃起来，沿周围神经扩散到皮肤黏膜中，大量复制，导致生殖器疱疹的复发。
复发性生殖器疱疹的症状也可表现为阴部出现一堆约3～4个至5~6个小水疱，基底有些潮红。几天后水疱破溃成为小的糜烂面或浅的溃疡，自觉疼痛不适，不治疗也可很快愈合，不留瘢痕。
但复发性症状较轻，愈合亦快，除了局部不适外无全身性的症状。复发的次数与频度因人而异，复发时间也无一定规律，但每次复发前都会感到阴部有烧灼感、瘙痒感或其他不适。一般发生在男性阴部的疱疹和女性外阴的症状明显，如果尿道、宫颈的复发很难诊断而被漏诊。
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