原发感染多为隐性，大多无临床症状或呈亚临床表现，仅有少数(1%~10%)可以出现临床症状。原发感染消退后，病毒潜伏于神经节内。正常人中约有半数以上为本病毒的携带者。
HSV感染的潜伏期为2~7天。HSV-2感染主要发生于生殖器部位，患者先有烧灼感或轻微感觉异常，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，男性多见于包皮、龟头、冠状沟、阴囊、尿道口、阴茎等处。
水疱可逐渐变成脓疱，约6天破溃而形成糜烂或浅的溃疡，自觉疼痛。
患者可发生尿道炎，出现排尿困难绝大部分患者有腹股沟淋巴结肿大和疼痛，70%以上的患者可出现发热、头痛、肌痛及全身不适症状。部分患者因局部病变蔓延，约30%的女性和15%的男性可出现无菌性脑膜炎，表现为头痛、颈项强直等，脑膜炎可有短期后遗症，需3~6个月才能消除。10%~20%的患者伴有生殖器以外部位的感染，可累及口唇、大腿、臀部、手指，乳房及中枢神经系统等。
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