急性肾炎如果治疗不彻底，很可能转为慢性肾炎，很多人就此认为慢性肾炎的病因是急性肾炎。这并不完全正确。急性肾炎和慢性肾炎的病因的关系是存在的，但是慢性肾炎也可能是自行病变发作的。
慢性肾炎是一组多病因的慢性肾小球病变为主的肾小球疾病，但多数患者慢性肾炎的病因不明，与链球菌感染并无明确关系，据统计仅15%～20%从急性肾小球肾炎转变而至，但由于急性肾小球肾炎亚临床型不易被诊断，故实际上百分比可能要高些。
此外，大部分慢性肾炎患者无急性肾炎病史，故目前较多学者认为慢性肾小球肾炎与急性肾炎之间无肯定的关联，慢性肾炎的病因可能是由于各种细菌、病毒或原虫等感染通过免疫机制、炎症介质因子及非免疫机制等。
慢性肾炎在初期症状不是很明显，这也是慢性肾炎的病因不容易确认的原因之一。作为常见的肾科疾病，慢性肾炎对肾功能的危害是随病情深入而不断加深的，当症状比较明显时，慢性肾炎的病因往往已经无从寻找。
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