骨髓造血功能受损也可以引起血小板减少，它的诊断也需要根据不同性质的疾病不同诊断。
再生障碍性贫血与骨髓病性疾病各种原因引起的再生障碍性贫血都有骨髓巨核细胞减少，血小板的生成减少等特点。其中，血小板减少可以是再生障碍性贫血最早出现的症状，也可能是由于经过治疗之后血红蛋白及粒细胞恢复正常，血小板尚未得到恢复的表现。而骨髓病性疾病，如癌肿浸润时所出现的血小板减少，大多是因为肿瘤细胞损害了骨髓里的巨核细胞，因此血小板生成减少。
以上两种情况检查骨髓即可明确诊断，前者骨髓增生低下，巨核细胞减少；后者的骨髓里可查到肿瘤细胞。
理化因素抑制骨髓理化因素如电离辐射、烷化剂、抗代谢剂、细胞毒性制剂等，这些物质常被用来治疗恶性肿瘤，而血小板减少是常见的并发症。这些物质或者直接毒害骨髓细胞，或者引发免疫反应，大多使骨髓出现弥漫性损伤，患者表现为全血减少。但少数患者的巨核细胞对射线较敏感，因此有些患者只表现为血小板和巨核细胞减少。
选择性抑制巨核细胞的因素氯噻嗪类药及其协同剂可以引起血小板减少，这些药物除了会产生血小板抗体外，还可直接抑制血小板的生成。患者表现为骨髓抑制，巨核细胞减少。
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