无论是开放性手术或腹腔镜手术治疗精索静脉曲张均有可能发生并发症，临床医师应注意预防和适当处理，并且术前应向患者及家属告知手术风险及可能发生的并发症。
主要常见的并发症有：
1、阴囊积液或睾丸鞘膜积液：阴囊水肿和睾丸鞘膜积液是手术后最常见的并发症，目前广泛认为阴囊水肿的机制和淋巴管的损伤有关。
2、睾丸萎缩：睾丸萎缩的发生率约为0.2%。
3、神经损伤：在经腹股沟精索内静脉高位结扎术中，可能损伤的神经有髂腹股沟神经、生殖股神经，还有几乎未被提及的精索上神经和精索下神经。
4、输精管损伤：输精管损伤是精索静脉曲张手术理论上的并发症。
5、急性附睾炎：术后出现急性附睾炎与术中结扎或损伤睾丸动脉有关，因睾丸动脉与精索内静脉伴行，术中易损伤。
6、网膜气肿及阴囊气肿：阴囊气肿、网膜气肿是腹腔镜手术特有并发症。
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