灰指甲的诊断主要根据临床表现和真菌学检查，灰指甲的检查最常用的是直接镜检和培养，直接镜检只能了解有无真菌的存在，培养则可以确定引发灰指甲的菌种。
在进行各项检查之前，灰指甲的标本采集尤为重要，采集过程不仅影响到检查结果的准确度，还影响到医生对灰指甲的诊断结果。所以，在采集标本的过程中一些注意事项大家一定要重视，
1.标本采集的方法
采集灰指甲的标本可以采用刀刮、剪刀剪、甲钻钻孔、快速扩孔钻、手术等方法。
2.标本采集的部位及要求
不同真菌引起的灰指甲，标本采集的部位和要求也不一样。远端甲下型损害可以用刮匙、牙刀或者牙挺从远端甲板下获取甲下碎屑，或者剪下真菌感染的病甲组织，而不是直接获取一碰就掉下来的小碎屑；近端甲下型标本的采集，需要先去除表面没有病变的甲，再用甲钻或者小刀小心地获取深部有病变的甲屑，并且多取几个部位的标本；全甲营养不良型灰指甲通常取较大的甲屑，或者全甲取下碾碎后方可进行检查；甲沟炎则需要把甲根部的鳞屑和甲床的脓汁都取一部分进行检查。
3.采集标本应当注意的事项
采集标本之前应当先用75%酒精擦洗病甲，清除病甲表面的污染物和细菌，这样获取的标本才能更准确的反应检查结果。如果实验室离采集标本的位置较远，应当用干燥的消毒纸袋将取下病甲标本保存好。
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