由于引起灰指甲的真菌种类繁多，所以只依靠直接镜检法来鉴别真菌比较困难，有时候真菌菌丝在病甲中数量少，不容易找到，这给直接镜检真菌带了很大的麻烦。
直接镜检法最为常用的方法包括，氢氧化钾液制备标本的方法和染色法。该检查方法仅供读者了解和参考，患有灰指甲的朋友一定要在正规医院的医生指导下进行检查和治疗。
1.氢氧化钾液制备标本的方法
采集标本的方法和注意事项，之前已经做了详细的阐述，这里就不重复介绍了。将刮取的甲屑置于清洁的玻璃载片上，加1-2滴10%-20%的氢氧化钾溶液，加盖玻片后微微加热，有助于溶解角蛋白和排出玻片之间多余的气泡，但一定要注意不要过度加热，以免因溶液烧干而形成结晶。待角质层细胞溶开、变薄后即可镜检，在取下的标本中可以找到菌丝和孢子，也可以看见假菌丝或着色的芽胞等。甲屑标本在氢氧化钾液真菌镜检后，根据所见到的不同菌丝、孢子的结构大致可以考虑由某种真菌感染引起灰指甲。有时候，一次镜检或许不足以认定，需要再次取材进行检查。
2.染色法
标本经氢氧化钾消化之后，用多种染色方法可以增加直接镜检的敏感性，能够更好的分辨出不同的菌种。
如派克墨水或荧光染色法，染色法均比单纯使用氢氧化钾液处理的标本阳性率高。所以，染色法可以与氢氧化钾法同时进行，这样不仅可以使观察到的菌丝和孢子结构更清晰，还可以使观察到的菌丝和孢子与标本中的其它成分相区分。
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