药物治疗是甲亢最普遍的治疗方法，俗话说“是药三分毒”，对甲亢患者也不例外，况且药物治疗的疗程较长，更容易出现不良反应，对于甲亢患者的不良反应主要表现在以下几个方面：
白细胞减少：严重时可出现粒细胞缺乏症，以甲硫氧嘧啶最多，常见于开始服药2~3个月，但也可见于全程中的任何时间。
故在初治疗阶段应每1~2周随访白细胞总数和分类，减药和维持阶段可每2~4周测一次。如果出现突发的粒细胞缺乏症状，常伴有咽痛、发热、乏力关节酸痛等表现，应予以紧急处理。有的患者在服药前就可能伴有白细胞减少症状，可在严密观察下试用抗甲状腺药物。
药疹：多为轻型，极少出现严重的剥脱型皮炎，一般药疹可给予抗组胺药物，如果不瘙痒，可继续用药。
如果出现严重荨麻疹可使用糖皮质类激素。
重症肝功能障碍：发生率较低，丙硫氧嘧啶最容易引起肝功能障碍，应特别注意，出现严重肝功能障碍时应停药，改用其他治疗方法。
多发性关节炎：用药后2~3个月发生，也有1年以上才出现，停药后一般4周以内症状即可消失，也可使用非甾体消炎镇痛药。
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